A região de Dom Joaquim fazia parte de um rota de mercadorias que passava por grandes cidades, como Ouro Preto, Mariana, Sabará, Rio de Janeiro, Conceição do Mato Dentro, Serro e Diamantina. O nome do município é uma homenagem ao primeiro Arcebispo da Arquidiocese de Diamantina, Dom Joaquim Silvério de Souza. O nome foi dado ao local quando este passou à categoria de cidade, em 17 de dezembro de 1938.

Os novos habitantes, procedentes do serro e de Conceição do Mato Dentro, foram atraídos pelas riquezas do lugar e pela abundância de peixes no rio que corta o município: o Rio do Peixe. Os principais atrativos naturais da cidade são o Recanto da Represa ou Barragem e o Rio Preto do Meio.